В связи с началом ВОВ Указом Президиума Верховного Совета СССР была объявлена мобилизация военнообязанных, а 3 июля 1941 года председатель Государственного Комитета Обороны И.В. Сталин выступил по радио с призывом к защите Отечества, которому угрожала смертельная опасность. Тысячи жителей Кабардино-Балкарии, в том числе и медицинские работники, приходили в военкоматы с просьбой зачислить их в действующую армию добровольцами. Так, например, врач нальчикской поликлиники Джашитьян подал заявление в военкомат о зачислении его добровольцем в качестве военного врача. Врач Н.А. Кожева просила отправить ее на фронт вместе с мужем. Фармацевт Зоя Александровна Лопухина вместе с мужем Андрианом Ивановичем ушла на фронт, оставив на руках своей матери полуторагодовалого сына. Таких примеров было много. Почти 50% врачебного состава медицинских учреждений республики была призвана в действующую армию.
В 1940 году, после окончания Финской компании, в республику прибыли части 175-й стрелковой дивизии. Когда началась война, дивизия приняла в свои ряды пополнение из районов Кабардино-Балкарии и отправилась на Юго-Западный фронт. Начальником медицинской службы этой дивизии был наш земляк, уроженец села Лескен Харун Тазаретович Макоев. Он в 1930 г. окончил Ленинградскую Военно-Медицинскую академию. Вся медицинская служба этой дивизии не раз в тяжелых боях доказала, что врачи, медсестры, санитары могут проявлять мужество и отвагу не только когда нужно выносить раненых с поля боя и своевременно оказывать им медицинскую помощь, но и тогда, когда нужно храбро и умело биться с врагом с оружием в руках. Потери личного состава дивизии были большими, поэтому врачам и другим медицинским работникам приходилось работать сутками без отдыха. Вспоминая эти тяжелые дни, Х.Т. Макоев рассказывал: «Пробиваясь к своим войскам, наш отряд в 32 человека попал под сильный минометный огонь. Одна из мин разорвалась совсем рядом. Медсестру убило, а меня ранило. Начальник терапевтического отделения врач Алексей Дзотов был ранен в грудь. Получила тяжелое ранение медсестра Надя Курьянова». Пережив все ужасы фашистского плена, Х.Т. Макоев в 1944 году был освобожден частями 6-й танковой армии. Продолжая воевать в качестве хирурга-ординатора, он был вторично ранен под Ригой. Медик-воин был удостоен двух орденов Красной Звезды, медали «За боевые заслуги» и многих других наград. После демобилизации Х.Т. Макоев возглавил работу Баксанской районной больницы.
В составе 175 стрелковой дивизии воевал и другой наш земляк из Майского района старший военный фельдшер 560-го стрелкового полка С.П. Жириков. В тяжелом бою под Белой Церковью по приказу начальника медицинской службы полка военного врача Фисенко он заменил раненного командира медико-санитарной роты полка. На подступах к Киеву Жириков был пленен. Находился в концлагере, где томилось до 40 тысяч военнопленных. Ему удалось бежать и перейти линию фронта. В составе полевого подвижного госпиталя 24-й армии в районе Сталинграда он продолжил службу. Затем вместе с 5-й гвардейской танковой армией дошел до Берлина.
Оставшиеся в больницах, поликлиниках и других лечебно-профилактических учреждениях врачи совершили большой патриотический подвиг. С первых же дней войны они заменили ушедших на фронт и стали работать за двоих. Они участвовали в формировании эвакуационных госпиталей, которые были развернуты в корпусах санаториев, домов отдыха, лучших зданиях Нальчика и районных центров, а также в школах г. Нальчика №1, 4, 6, 8, 9. Уже к 10 июля 1941 года к работе в госпиталях было привлечено 225 врачей, 745 фельдшеров и медицинских сестер.
К началу 1942 года в республике всего было размещено 14 эвакогоспиталей на 13 тысяч мест. Только с июля 1941 года по октябрь 1941 года из эвакогоспиталей, расположенных на территории КБАССР, вернулось на фронт 60 тысяч бойцов.
Яркой страницей в истории нашей республики в годы ВОВ стало формирование 115-й Кабардино-Балкарской кавалерийской дивизии на народные средства. К моменту отправки на фронт 115-я Кабардино-Балкарская кавалерийская дивизия на 90% состояла из бойцов коренных национальностей, колхозы и совхозы республики выделили лучших кабардинских скакунов, снабдили всадников седлами, обмундированием, продуктами питания. Начальником медицинской службы дивизии стал военврач 2-го ранга Джабраил Джантиев. В это время в одном из нальчикских эвакогоспиталей лечился выпускник нальчикской акушерско-фельдшерской школы фельдшер Тимур Кумахов, который был ранен на фронте. Он попросил назначить его в формируемую 115-ю Кабардино-Балкарскую кавалерийскую дивизию. В мае 1942 года дивизия вступила в кровопролитные бои на Дону, участвовала во всех решающих схватках междуречья Дона и Волги. В период боев медико-санитарный эскадрон был отрезан от основных сил дивизии. Оказывая медицинскую помощь и отправляя раненых в тыловые госпиталя, погиб почти весь медперсонал. Оставшийся в живых фельдшер Кумахов продолжил служить в армии и закончил войну в Прибалтике, был дважды ранен. За свои ратные подвиги награжден двумя орденами и восемью боевыми медалями.
Летом 1942 года линия фронта стала приближаться к нашей республике. Началась эвакуация эвакогоспиталей 5 августа 1942 года, к концу октября 1942 года она была завершена. Когда встал вопрос, как быть с больными детьми костно-туберкулезного санатория «Огонек», врач Ф.А. Лукашевич, понимая что транспортировка детей отрицательно отразится на результатах достигнутого лечения, решилась остаться вместе с беспомощными пациентами. Неэвакуированный детский санаторий «Огонек» попал под первый бомбовый удар, который немцы нанесли по Долинску, где располагались штабы. К моменту начала бомбардировки в санатории находились главный врач и дежурная медицинская сестра. Они вдвоем вынесли 27 детей в более безопасное место. Когда Фира Алексеевна вынесла последнюю глухонемую девочку, раздался страшной силы взрыв, корпус санатория затрясся. Во время оккупации врач Лукашевич подобрала на улице 6-х раненных бойцов, спрятала их и вылечила.
После тяжелых боев 2 ноября 1942 года части красной Армии оставили Нальчик. 1 января 1943 года в нальчикскую городскую больницу ворвались немецкие саперы. Поджигая и круша, они привели в негодность все корпуса больницы. Фашисты хотели взорвать больницу вместе со 189 ранеными советскими воинами. Но жители города Нальчика перенесли их в безопасные места. Фашисты негодовали от того, что раненые исчезли, и они не могут их найти. Были арестованы и расстреляны врач больницы Василий Иванович Кищенко, заведующий аптекой Михаил Борисович Зусман, сестры Юлия Григорьевна Шенкман и Вера Григорьевна Маренко.
Военные врачи воевали в партизанских отрядах. Бывший главный врач курорта Нальчик Сергей Осипович Першин ушел добровольцем на фронт и был начальником 146-го медсанбата 141-й стрелковой дивизии. В одном из боев на Украине попал в плен, но убежал из концлагеря и связался с подпольным обкомом. По заданию обкома он работал в немецкой комендатуре, имел постоянную связь с партизанами, поставляя медикаменты, медицинские инструменты, материалы для перевязки, бланки документов. Многих молодых людей он спас от угона в Германию. Помогал военнопленным выбраться из концлагерей и перебраться к партизанам в лес. Пользуясь своим положением, он ездил беспрепятственно по области и передавал приказы и инструкции подпольного обкома. Есть предположение, что С.О. Першин причастен к обнаружению ставки Гитлера на Украине «Вервольф». После Винницы принимал активное участие в подпольной деятельности Житомирского обкома, но был предан местным националистам и расстрелян гитлеровцами в 1943 году.
4 января 1943 года Нальчик был полностью освобожден от немецких захватчиков, началось восстановление народного хозяйства, медицинской службы в республике. В январе 1945 года за выдающиеся заслуги перед Родиной в дни ВОВ 24 врача республики были награждены Почетной грамотой Президиума Верховного Совета КБАССР.